Artık sahip bulunduğu kuvveti kendinden oldukça emin bir şekilde sergileyen Neo, insanüstü özelliklerle donatılmış bulunduğunun ve iletişime geçtiği her şeyin şifresini çözebilen üstün kabiliyetinin farkına varıyor.Bununla beraber hayatta kalmaya çalışan insanoğlu, bütün insanlığın geleceği amacıyla birer birer Matrix’e karşı gelmeye başlıyor. Başkaldıranların adedi arttıkça makinalar dünyada son kalan gerçek kent olarak kabul edilen, insanlığın direniş merkezi Zion’a saldırıyor.
